رئیس جمهور در واکنش به ترور اسماعیل هنیه نوشت: پیوند دو ملت سربلند ایران و فلسطین مستحکم‌تر از قبل خواهد شد و مسیر مقاومت و دفاع از مظلوم پرقدرت‌تر از همیشه دنبال می‌شود.
به گزارش سایت ستاد حقوق بشر، مسعود پزشکیان رئیس‌جمهور در واکنش به ترور و شهادت اسماعیل هنیه در صفحه شخصی خود در شبکه ایکس نوشت:
امروز ایران عزیز به سوگ شریک غم و شادی خود، همراه همیشگی و پرافتخار راه مقاومت، رهبر شجاع مقاومت فلسطین، شهید القدس، حاج اسماعیل هنیه نشسته است. دیروز دست فاتح او را بالا بردم و امروز باید بر روی شانه‌هایم او را تشییع کنم.
شهادت هنر مردان خدا است. پیوند دو ملت سربلند ایران و فلسطین مستحکم‌تر از قبل خواهد شد و مسیر مقاومت و دفاع از مظلوم پر قدرت‌تر از همیشه دنبال می‌شود. جمهوری اسلامی ایران از تمامیت ارضی و عزت و حیثیت و افتخار و شرف خود دفاع، و اشغالگران تروریست را از اقدام بزدلانه خود پشیمان خواهد کرد. «إِنَّ اللَّهَ عَزِیزٌ ذُو انْتِقَامٍ»